Der Stechlinsee ist einer der letzten großen oligotrophen Waldseen in Deutschland. Er ist bekannt für seine einmalige Wasserqualität. Der Seegrund ist etwa zu 40% mit Wasserpflanzen bewachsen. Ausgedehnte Pflanzenteppiche, Schilfgürtel, Laichkrautwiesen, Sandgründe und das dunkele Tiefenwasser bieten einen abwechselungsreichen Lebensraum für Aale, Flussbarsche, Hechte, Karpfen, Schleien und Weißfische. Auch ist er Lebensort der Tiefenform der kleinen Maräne.